기초과학연구원 의생명수학그룹
On March 25, 2022, Hyukpyo Hong gave a talk on “Universal structural requirements for maximal robust perfect adaptation in biomolecular networks”, Gupta and Khammash, bioRxiv, 2022, at the Journal Club.
On March 24, 2022, Mason Porter from UCLA, gave an online talk at the IBS Biomedical Mathematics Colloquium. The title of his talk was “Topological data analysis of spatial systems.” At the beginning of his talk, he gave a 25-minutes introductory talk for topological data analysis.
Led by Prof. KIM Jae Kyoung, researchers at the Institute for Basic Science (IBS) and KAIST revealed that the number of slowest steps in cell signaling pathways is a key source of cell-to-cell heterogeneity. master clock and the slave clock operate via different molecular mechanisms. This work has been published in Science Advances.
기초과학연구원(IBS) 수리 및 계산과학 연구단 의생명수학그룹(김재경 CI) / KAIST 수리과학과 연구팀은 큐잉이론과 베이지안 추정 방법론을 결합하여 항생제에 반응하는 세포간 이질성의 주 원인이 세포 내 신호 전달 체계를 이루는 속도 결정 단계의 숫자라는 것을 밝혔다. 세포간 이질성은 항암 치료의 효율을 낮추는 불완전 사멸과 큰 관련이 있기 때문에 항암 치료의 효율을 높이는 가능성을 제시할 수 있을 것으로 기대된다. 이 연구는 국제학술지 Science Advances에 게재됐다.
[헤럴드경제] – News
[논문 링크 (클릭)] – Paper
On March 18, 2022, Seokjoo Chae gave a talk on “Data-driven discovery of coordinates and governing equations”, Champion et al., PNAS, 2019, at the Journal Club.
On March 11, 2022, Yun Min Song gave a talk on “Transcription factor competition facilitates self-sustained oscillations in single gene genetic circuits”, Landman et al., bioRxiv, 2021.
Our group CI, Professor Jae Kyoung Kim, presented a talk titled ‘Mathematical modeling for the endemic transition of COVID-19’ at the 196th KAST Round Table Discussion – ‘Omicron, which is different from the previous variants and how do we deal with it?’. The recorded video can be found at 28:36 ~ 48:05 of the below Youtube link.
그룹 CI 김재경 교수가 한국과학기술한림원 주관 제196회 한림원탁토론회 – ‘오미크론, 기존 바이러스와 무엇이 다르고 어떻게 대응할 것인가?’에서 ‘코로나바이러스의 토착화 과정에 대한 수리모델’이라는 제목으로 주제 발표를 진행하였습니다. 아래 유튜브 영상 28:36 ~ 48:05 에서 확인할 수 있습니다.
On March 04, 2022, Seho Park gave a talk on “Modeling polypharmacy side effects with graph convolutional networks”, Zitnik et al., Bioinformatics, 2018.
On March 3, 2022, Qing Nie from the University of California, Irvine, gave an online talk at the IBS Biomedical Mathematics Colloquium. The title of his talk was “Spatiotemporal reconstruction of static single-cell genomics data.”
Led by Prof. KIM Jae Kyoung and KIM Eun Young, researchers at the Institute for Basic Science (IBS) and Ajou University found that the master clock and the slave clock operate via different molecular mechanisms. Thanks to the distinct property of the master clock neurons, it is able to easily adapt to the new diurnal cycle.
기초과학연구원(IBS) 수리 및 계산과학 연구단 의생명수학그룹(김재경 CI)과 KAIST 수리과학과, 아주대 의과대학 뇌과학과(김은영 교수) 공동연구팀은 수리모델 예측과 초파리 실험을 결합한 융합연구를 통해 생체시계가 안정적 리듬을 유지하면서도 환경변화에 쉽게 적응할 수 있는 원리를 규명했다고 밝혔다. 연구팀은 이번 연구에서 초파리의 마스터 뉴런이 슬레이브 뉴런에 비해 PER 단백질의 합성과 분해 속도가 훨씬 빠르다는 것을 알아냈다. 또한 마스터 뉴런이 평소에는 동기화된 강한 리듬을 유지하다가 외부 환경 변화(시차)가 일어났을 때, 비동기화 되면서 리듬을 약하게 만들어 유연하게 환경 변화에 적응할 수 있음을 밝혔다.
[SCIENMAG] [아이뉴스24] – News
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On February 18, 2022, Bryan Hernandez gave a talk on “A Deficiency-Based Approach to Parametrizing Positive Equilibria of Biochemical Reaction Systems”, Johnston et al., Bulletin of Mathematical Biology, 2019