기초과학연구원은 '클린 IBS 지킴이'를 통해 청렴문화 조성 및 윤리경영을 실천하고 있습니다. '클린 IBS 지킴이'를 통한 제보내용은 외부 전문기관(레드휘슬)을 통해 저장·관리되며, 기초과학연구원 부패행위 신고자 보호지침에 의거, 제보(신고)자에 대한 비밀보장 및 신분보장이 이루어집니다.

또한, 기초과학연구원 부패행위 신고자 보호지침에 의거 ①지침에 따른 신고에 의하여 확인된 부패행위자에 대해 공소제기·기소유예·기소중지 또는 견책 이상의 징계처분 등이 있는 경우 ②지침에 따른 신고에 의하여 신고와 관련된 제도 등의 개선·중단 또는 폐지 등으로 연구원의 재산상 손실을 방지한 경우 ③그 밖에 포상등을 추천할 수 있다고 원장이 인정하는 경우에는 신고(제보)자에 대해서 포상·표창 등이 진행 될 수 있습니다.