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SUMMARY:Approximating Solutions of the Chemical Master Equation using Neural Networks
DESCRIPTION:We will discuss about “Approximating Solutions of the Chemical Master Equation using Neural Networks”\, Sukys et al.\, bioRxiv\, 2022 \nAbstract: The Chemical Master Equation (CME) provides an accurate description of stochastic biochemical reaction networks in well-mixed conditions\, but it cannot be solved analytically for most systems of practical interest. While Monte Carlo methods provide a principled means to probe the system dy- namics\, their high computational cost can render the estimation of molecule number distributions and other numerical tasks infeasible due to the large number of repeated simulations typically required. In this paper we aim to leverage the representational power of neural networks to approximate the solutions of the CME and propose a framework for Neural Estimation of Stochastic Simulations for Inference and Exploration (Nessie). Our approach is based on training a neural network to learn the distributions predicted by the CME from a relatively small number of stochastic simulations\, thereby accelerating computationally intensive tasks such as parameter exploration and inference. We show on biologically relevant examples that simple neural networks with one hidden layer are able to cap- ture highly complex distributions across parameter space. We provide a detailed discussion of the neural network implementation and code for easy reproducibility.
URL:https://www.ibs.re.kr/bimag/event/2022-06-03-jc/
LOCATION:B378 Seminar room\, IBS\, 55 Expo-ro Yuseong-gu\, Daejeon\, 34126\, Korea\, Republic of
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SUMMARY:[사전 등록 필요] 논문 글쓰기 워크샵 1/2 - 논문 작성 원리: ABC 논문 작성법 (원병묵 교수님)
DESCRIPTION:2022년 6월 3일 오후 4시 – 5시\, 성균관대 신소재공학부의 원병묵 교수님의 논문 글쓰기 워크샵 강의가 있습니다. 참가를 원하시는 분은 구글 폼(링크)에서 사전 등록을 해주시기 바랍니다. \n[요약] \n논문은 저자와 독자 사이의 학문적 소통을 위한 논리적인 글이다. 이번 강연을 통해 논문을 작성하기 위한 기본 원리를 배울 수 있다. 특히\, 연구가 거의 마무리되는 시점에 (After completing your research)\, 연구 결과를 그림과 표로 잘 정리한 다음에 (Based on well-organized figures and tables)\, 본격적으로 논문 작성을 시작하는 (Compose your manuscript from a title to a conclusion) ‘ABC 논문 작성법’을 소개한다. 논문 작성의 준비 과정으로 (A와 B의 과정)\, 연구 노트 작성 방법\, 저널 클럽 운영 방법\, 한 페이지 활용 방법을 설명한다. 논문 작성 준비가 완료되면\, 제목부터 결론까지 순서대 로 논문 원고를 작성할 수 있다 (C의 과정). 이렇게 하면\, 단기간에 집중하여 효율적으 로 논문을 작성할 수 있다. \n*참고: 원병묵 교수의 과학 논문 쓰는 법
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SUMMARY:[사전 등록 필요] 논문 글쓰기 워크샵 2/2 – 영어 논문 쓰기: 두려움을 성취로 바꾸는 길 (박영민 연구원님)
DESCRIPTION:2022년 6월 3일 오후 5시 – 6시\, 부산교육정책연구소 박영민 연구원님의 논문 글쓰기 워크샵 강의가 있습니다. 참가를 원하시는 분은 구글 폼(링크)에서 사전 등록을 해주시기 바랍니다. \n[요약] 이 ‘영어 논문 쓰기’ 워크숍은 현재의 영어 수준이나 과거의 영어 학습 경험과 상관 없이 누구나 영어 논문 쓰기를 시작할 수 있는 방법에 관한 것입니다. 우선 영어에 대한 막연한 두려움\, 과거 경험으로 인한 자신감 부족\, 게다가 ‘쓰기’라는 쉽지 않은 인지 활동\, 심지어 논문이라는 큰 벽\, 혹은 섣부른 자신감 등 ‘영어 논문 쓰기’를 방해하는 요인을 생각해 봅니다. 이런 요인을 자세하게 들여다보면 각각의 걸림돌을 넘어갈 방법도 명쾌하게 발견할 수 있습니다. 이 세미나에서 다룰 구체적 내용은 다음과 같습니다. \n\n\n\n한국인들이 ‘영어’와 ‘영어 쓰기’를 어렵게 느끼는 원인 이해하고 극복하기\n‘읽기’와 ‘쓰기’의 서로 다른 두 가지 인지활동의 관련성 이해하고 적용하기\n논문에 적합한 단어\, 시제\, 구두점 선택하고 사용하기\n영문초록\, 제목\, 소제목 스타일 이해하고 작성하기\n영어논문 쓰기를 돕는 디지털 도구 선택하고 활용하기\n\n\n\n이 워크숍에서 안내될 몇 가지 방법은 영어 논문 쓰기가 더 이상 두려운 것이 아닌 연구자로서의 목표를 이루는 디딤돌이 되도록 할 것입니다.
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