ibs 기초과학연구원의 조직을 이끌어가는 경영진들의 구성은 다음과 같습니다.

• 원장
• 부원장
• 감사
  • 감사부
  • 감사팀
• 과학자문위원회
• 연구단선정 평가위원회
• 부설 국가수리과학연구소
• 전략정책실

본원 연구단 10개에 속한 연구단은 다음과 같습니다.

• 입자 및 핵 물리연구 클러스터
  • 지하실험연구단
  • 순수물리이론연구단
  • 희귀핵연구단
• 생명과학연구클러스터
  • 인지 및 사회성 연구단
  • 유전체 교정 연구단
  • 바이오분자 및 세포구조 연구단
• 단일연구단
  • 복잡계이론물리연구단
  • 수리 및 계산과학 연구단
  • 복소기하학 연구단
  • 기후 및 지구과학 연구단

캠퍼스 연구단 12개에 속한 연구단은 다음과 같습니다.

• 응집물질과학연구 클러스터
  • 기하학 수리물리 연구단
  • 원자제어 저차원 전자계 연구단
  • 반데르발스 양자물질 연구단
• 의생명 및 화학연구 클러스터
  • 시냅스 뇌질환 연구단
  • 분자활성 촉매반응 연구단
  • 혈관 연구단
  • 첨단반응동역학 연구단
• 단일연구단
  • 초강력 레어지과학 연구단
  • 엑시온 및 극한상호작용 연구단
  • 다차원 탄소재료 연구단
  • 인공지능 및 로봇 기반 합성 연구단
  • 유전체 항상성 연구단

외부연구단 9개에 속한 연구단은 다음과 같습니다

• RNA연구단
• 강상관계물질 연구단
• 나노입자 연구단
• 나노구조물리 연구단
• 뇌과학 이미징 연구단
• 분자 분광학 및 동력학 연구단
• 나노의학 연구단
• 기후물리 연구단
• 양자나노과학연구단
• 이차원 양자 헤테로구조체 연구단

ibs 기초과학연구원 산하 연구조직들은 각 연구소 및 클러스터마다 운영지원팀과 함께 운영이 되고 있습니다. 연구조직들의 구성은 다음과 같습니다.

• 중이온가속기연구소
  • 가속기구축사업단
    • 고에너지가속장치개발실
  • 가속기운영부
    • 가속기운전팀
    • 가속기제어팀
    • 극저온팀
  • 실험장치부
    • 실험장치팀
    • 희귀동위원소개발팀
  • 기획관리부
    • 정책예산팀
    • 연구사업관리팀
    • 대외협력팀
  • 운영지원부
    • 인사총무팀
    • 구매관리팀
    • 시설보안팀
  • 기반기술실
  • 안전관리실
  • 품질관리팀
• 한국바이러스기초연구소
  • 신변종바이러스연구센터
  • 바이러스면역 연구센터
  • 바이러스 연구 지원센터
  • 운영지원팀
• 입자 및 핵 물리 연구 클러스터
  • 지하실험연구단
  • 순수물리이론 연구단
  • 희귀 핵 연구단
  • 운영지원팀
• 생명과학 연구 클러스터
  • 인지 및 사회성 연구단
  • 유전체 교정 연구단
  • 바이오분자 및 세포구조 연구단
  • 운영지원팀
• 본원 단독연구단
  • 복잡계 이론물리 연구단
  • 수리 및 계산과학 연구단
  • 복소기하학 연구단
  • 기후 및 지구과학 연구단
• 응집물질과학연구 클러스터
  • 기하학 수리물리 연구단
  • 원자제어 저차원 전자계 연구단
  • 반데르발스 양자 물질 연구단
  • 운영지원팀
• 의생명 및 화학 연구 클러스터
  • 시냅스 뇌질환 연구단
  • 분자활성 촉매반응 연구단
  • 혈관연구단
  • 첨단반응동역학연구단
  • 운영지원팀
• 캠퍼스 단독 연구단
  • 초강력레이저과학연구단
  • 엑시온 및 극한상호작용 연구단
  • 다차원탄소재료연구단
  • 첨단연성물질연구단
  • 유전체항상성연구단
• 연구원 외부 단독 연구단
  • RNA연구단
  • 강상관계물질연구단
  • 나노입자연구단
  • 나노구조물리연구단
  • 뇌과학이미징연구단
  • 분자분광학 및 동력학 연구단
  • 나노의학 연구단
  • 기후물리연구단
  • 양자나노과학연구단

ibs 기초과학연구원의 경영 및 행정조직은 7개로 구성되어 있으며, 구성은 다음과 같습니다.

• 중대재해관리팀
• 연구지원본부
  • 연구단운영지원팀
  • 연구관리팀
  • 연구평가팀
  • 이노베이션팀
  • 본원연구단행정팀
• 기획협력본부
  • 기획팀
  • 예산운영팀
  • 정보전산팀
  • 정보보안팀
• 경영지원본부
  • 인재경영팀
  • 총무팀
  • 소통문화팀
  • 재무회계팀
  • 구매자산팀
• 리서치솔루션센터
  • 인프라운영팀
  • 인프라지원팀
  • 초고성능컴퓨팅전문센터
• 글로벌커뮤니케이션실
  • 홍보팀
• 안전시설건설실
  • 안전보건팀
  • 시설팀